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Il CPD è particolarmente attivo nella ricerca sulla Teoria del Codice Multiplo, che integra Scienze Cognitive e Psicoanalisi, fornendo una ampia base empirica alle assunzioni psicoanalitiche, e più in generale psicodinamiche.

Secondo la Teoria del Codice Multiplo, le esperienze sono codificate in formati non simbolici, che possono essere o non essere connessi con i formati simbolici delle immagini mentali e successivamente della parola, formando uno schema di pensieri, emozioni, sensazioni e comportamenti associati tra loro.
In presenza di affetti troppo intensi per la persona, può avvenire un trauma ed una dissociazione tra le componenti non simboliche e simboliche dello schema, che si riflette nel linguaggio e in risposte emotive e comportamentali disadattive.
L'analisi degli schemi dissociati in un nuovo contesto interpersonale, come quello fornito dalla relazione terapeutica, può favorire la riedizione e la modificazione degli schemi verso soluzioni più adattive.

La Teoria del Codice Multiplo favorisce una concettualizzazione semplice ed immediata di cosa accade nella mente dei pazienti, indipendentemente dalla teoria di riferimento, e favorisce in questo modo il confronto tra linguaggi teorici differenti.